奥利亚罗非鱼DMO和DMT蛋白二级结构和B细胞抗原表位的预测

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篇1：奥利亚罗非鱼DMO和DMT蛋白二级结构和B细胞抗原表位的预测

奥利亚罗非鱼DMO和DMT蛋白二级结构和B细胞抗原表位的预测

以DMO和DMT氨基酸序列为基础,采用Garnier-Robson法、Chou-Fasman法和KarplusSchulz法预测蛋白质的二级结构;按Kyte-Doolittle法、Emini法和Jameson-Wolf法预测DMO和DMT蛋白的B细胞抗原表位.预测结果表明:在DMO蛋白N-端第80～112,144～147,193～194,251～255,260～269区段和279～283区段,DMT蛋白N-端61～86,98～105,140～146,239～241区段和第269～273区段,可能是α-螺旋中心;DMO蛋白N-端第59～61,69～70,148～150区段和383～390区段,DMT蛋白的N-端第125～129,207～213,255～264区段和第281～284区段,可能是β-折叠中心;在DMO蛋白分子N-端40～41,44～45,50～51,128～129,189～192,204～207,216～222,226～233,244～246,298～299区段和第323～326区段和DMT蛋白分子N-端第12～13,26～27,43～44,58～60,93～95,115～120,136～139区段和第149～151区段具有较柔软的结构,这些区段有可能进行一定幅度的摆动或折叠而形成较复杂的'三级结构.DMO蛋白N-端第1～5,41～51,65～67,86～89,98～110,154～170,183～203,205～248,258～264,284～291,293～298,270～375,389～392,402～410区域和DMT蛋白N-端第1～9,17～28,77～84,114～123,131～139,157～184,196～207区域可能是B细胞表位优势区域.以蛋白质的二级结构预测作为辅助手段,用抗原指数,亲水性参数和可及性参数预测DMO和DMT蛋白的B细胞表位,为DMO和DMT蛋白单克隆抗体的制备提供了线索,为系统研究奥利亚罗非鱼DMO和DMT基因的性别调控机理提供参考.

作 者： 作者单位： 刊 名：中国生物工程杂志  ISTIC PKU英文刊名：CHINA BIOTECHNOLOGY 年，卷(期)：2006 26(7) 分类号：Q518.1 关键词：DMO   DMT   奥利亚罗非鱼   二级结构   B细胞表位  

篇2：人肥大细胞类糜蛋白酶序列结构分析及B细胞表位预测

人肥大细胞类糜蛋白酶序列结构分析及B细胞表位预测

根据肥大细胞Chymase 的氨基酸序列,借助ProScale服务器,采用Hopp & Woods的亲水性方案、Janin可及性参数、Welling抗原性参数及吴氏综合预测方法对肥大细胞类糜蛋白酶的'二级结构及B细胞表位进行预测. 结果推测最有可能的B细胞表位位于类糜蛋白酶的 N 端第5～12 区段、第94～101 区段、第172～179区段和第199～206区段内或它们的附近. 本研究结果有助于确定肥大细胞类糜蛋白酶的B细胞表位,可为深入研究类糜蛋白酶的结构与功能及新型抑制剂的设计提供线索.

作 者：蒋志勤 杜奇石 郑会勤 JIANG Zhi-qin DU Qi-shi ZHENG Hui-qin  作者单位：天津师范大学,化学与生命科学学院,天津,300074 刊 名：天津师范大学学报（自然科学版）  ISTIC PKU英文刊名：JOURNAL OF TIANJIN NORMAL UNIVERSITY(NATURAL SCIENCE EDITION) 年，卷(期)：2006 26(3) 分类号：Q51 R393.11 关键词：肥大细胞   类糜蛋白酶   B细胞表位   预测